El escritor y Premio Nobel de Literatura Mario Vargas Llosa visitó la Universidad en dos ocasiones. La primera de ellas fue el 26 de junio de 2002 con motivo de la inauguración de los Cursos de Verano.
En su estancia, como parte de su visita a Navarra, mantuvo un encuentro con el rector, José Mª Bastero; el vicerrector de Profesorado, Manuel Casado; y los profesores de la Facultad de Filosofía y Letras Javier de Navascués y Mª Victoria Romero. El escritor dejó constancia de su paso por la Universidad en su libro de visitas. "Me siento muy honrado de visitar esta prestigiosa universidad, que ha llevado el buen nombre de Navarra a todos los rincones del mundo", escribió.
Vargas Llosa regresó al campus el 13 de mayo de 2015 para visitar el Museo Universidad de Navarra, que había sido inaugurado en enero de ese año. Le acompañaron el rector, Alfonso Sánchez-Tabernero; Ángel J. Gómez Montoro, presidente del Patronato del Museo; y su director, Jaime García del Barrio.
